Musdah meraih S-1 di Fakultas Adab IAIN Alauddin pada tahun 1982, S-2 di IAIN Sjarif Hidayatullah (1992). Setelah meneliti di Kairo 1994, tiga tahun kemudian, Musdah meraih gelar doktor di IAIN Sjarif Hidayatullah Jakarta pada 27 Maret 1997. Musdah mempertahankan disertasinya dengan judul : Negara Islam : Pemikiran Politik Husain Haikal di hadapan Sidang Tim Penguji dalam ujian promosi yang diketuai oleh Rektor IAIN, Prof. Dr. Quraish Shihab, MA dengan penguji yang terdiri atas Prof. Dr. Harun Nasution, Prof. Dr. Munawir Syazali, Dr. Johan Meuleman, Prof. Dr. Mulyanto Sumardi, Prof. Dr. A. Rahman Zainuddin dan Dr. Muslim Nasution, dan dinyatakan lulus dengan predikat amat baik.
Ia diwisuda dengan memperoleh penghargaan doktor teladan IAIN Syarif Hidayatullah untuk tahun ajaran 1996/1997. Sementara sang suami (Ahmad Thib Raya) lulus pada tahun berikutnya. Ternyata, ia mampu menyelesaikan studi lebih cepat daripada suaminya, padahal beban yang diembannya jauh lebih berat.
Ia doktor ke-117 yang dihasilkan IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta, tetapi dalam urutan perempuan yang mencapai doktor di IAIN tersebut ia baru urutan ke-4. Artinya 117 doktor yang dihasilkan IAIN Jakarta selama 15 tahun sejak berdirinya (1982-1997), hanya ada empat perempuan.
Tiga tahun berikutnya, 4 Mei 1999 ia dikukuhkan sebagai Ahli Peneliti Utama Lektur Keagamaan di depan Sidang Majelis Pengukuhan Ahli Peneliti Utama yang di pimpin oleh ketua LIPI, Dr. Soefyan Tsauri, MSc, APU. Dalam upacara pengukuhan itu ia menyampaikan orasi ilmiahnya yang berjudul : Potret Perempuan Dalam Lektur Agama. Jabatan itu setingkat dengan profesor.
