Pada tahun 1991 diundangkan UU Kejaksaan yang baru yaitu UU No 5/1991 tentang Kejaksaan Republik Indonesia. UU Kejaksaan yang baru ini menegaskan fungsi Jaksa sama seperti fungsi Jaksa dalam KUHAP yaitu sebagai Penuntut Umum. Pada Pasal 1 angka 1 UU Kejaksaan No.5/1991 menegaskan bahwa Jaksa adalah Pejabat yang diberi wewenang oleh Undang-Undang untuk bertindak sebagai Penuntut Umum, serta melaksanakan putusan pengadilan yang telah memperoleh kekuatan hukum tetap (Inkract van gewidjsde).
Dengan demikian, tegas Dr. Khomaini, SE, SH, MH, CPArb, berdasarkan Undang-Undang Kejaksaan No.5/1991, Jaksa tidak lagi memilki kewenangan sebagai Penyidik, dan oleh karenanya kewenangan Jaksa sebagai Penyidik Tipikor sebagaimana diatur dalam UU Kejaksaan No.3/1971 haruslah dianggap tidak ada lagi.
Selanjutnya, pada 1999, diundangkan UU Tipikor baru yakni UU N0.31/1999 tentang Pemberantasan Tipikor. Dalam UU itu sesungguhnya sudah ditegaskan bahwa Jaksa tidak lagi memiliki kewenangan sebagai Penyidik Tipikor sebagaimana diatur dalam Pasal 26 UU No.31/1999.
Akan tetapi permasalahan kewenangan tersebut menjadi tumpang tindih kembali dengan adanya ketentuan Pasal 27 dan Pasal 39 UU Tipikor No.31/1999, karena kedua pasal ini sebagian orang menafsirkan Jaksa masih memiliki kewenangan sebagai Penyidik Tipikor. Pasal 27 UU No.31/1999 menyatakan bahwa, dalam hal ditemukan Tipikor yang sulit pembuktiannya, maka dapat dibentuk Tim Gabungan dibawah Koordinasi Jaksa Agung. Dan pada Pasal 39 UU No.31/1999 menyatakan bahwa, Jaksa Agung mengkoordinasikan dan mengendalikan Penyelidikan, Penyidikan dan Penuntutan Tipikor yang dilakukan secara bersama-sama oleh orang yang tunduk pada Peradilan Umum dan Peradilan Militer.
Namun pada Penjelasan Pasal 27 UU Tipikor No.31/1999 menyatakan, yang dimaksud dengan Tipikor yang sulit pembuktiannya antara lain Tipikor di bidang Perbankan, Perpajakan, Pasar Modal, Perdagangan dan Industri, Komoditi Berjangka atau Bidang Moneter dan Keuangan yang bersifat Lintas Sektoral, dilakukan dengan menggunakan teknologi canggih, atau dilakukan oleh Tersangka atau Terdakwa yang berstatus sebagai Penyelenggara Negara sebagaimana ditentukan dalam UU No.28/1999 Tentang Penyelenggara Negara yang Bersih dan Bebas Korupsi, Kolusi dan Nepotisme.
Mengkoordinasikan disini sesuai arti kata asalnya adalah mengatur secara baik agar lebih terarah, namun tidak melakukan penyidikan itu sendiri. Selanjutnya, pada tahun 2002, diundangkan UU KPK Nomor 30/2002, di mana pada salah satu Pasal di bagian Ketentuan Penutup yakni Pasal 71 Ayat 1 UU KPK No.30/2002, menyebutkan bahwa UU sebelumnya dinyatakan Tidak Berlaku Lagi. Bahwa kewenangan Jaksa Agung untuk Mengkoordinasikan itu dihapus dengan UU KPK dinyatakan Tidak Berlaku Lagi, jadi tidak ada sisanya yang beri kewenangan Jaksa ? “Tidak ada,“ tegasnya.
Dimana pada Pasal 42 UU KPK No.30/2002 menyatakan bahwa KPK berwenang mengkoordinasikan dan mengendalikan Penyelidikan, Penyidikan dan Penuntutan Tipikor yang dilakukan bersama-sama oleh orang yang tunduk pada Peradilan Militer dan Peradilan Umum.
Kemudian pada tahun 2004, keluar UU Kejaksaan yang baru, yakni UU No.16/2004 tentang Kejaksaan RI. UU Kejaksaan ini memberikan lagi kewenangan Penyidikan kepada Kejaksaan, Namun juga tidak disebutkan bahwa Kejaksaan berwenang melakukan Penyidikan Tipikor. Memberikan kewenangan kepada Jaksa sebagai Penyidik tindak pidana tertentu, berdasarkan UU.
Namun Analisis secara Yuridis Normatif pada uraian sebelumnya telah membuktikan bahwa sejatinya Jaksa tidak lagi memiliki kewenangan sebagai Penyidik Tipikor, dan sudah selayaknya dan sepatutnya untuk Kasus Tipikor yang berwenang melakukan Penyidikan adalah Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) dan Polri. (*)
